微量元素肥料施用方法有土壤施用和叶面喷施用两种。由于单位面积的施用量很小，所以一定要用大量惰性物质稀释后才能施用，施用不均匀时会毒害部分作物。微量元素肥料常需混入常量肥料中一起施用。通常采用下列两种方法。
一是在生产常量颗粒肥料中混入：这种方法比较方便和经济，不会产生养分不均匀现象，缺点是灵活性较差，难以满足市场的多种要求。
二是把微量元素肥料粉末涂包在常量颗粒肥料的表面：这种操作可在二次加工厂进行，可随时满足市场的需要。常量颗粒肥料与微量元素肥料在小型混合器内混合约 1分钟，然后喷入少量的油、水或微量元素盐类的水溶液，并继续混合，产品仍保持外观干燥。
肥效
微量元素肥料的肥效跟土壤的性质有关。在碱性土壤中，除钼的有效性增大以外，其他都降低肥效。对变价元素来说，还原态盐的溶解度一般比氧化态盐大，所以土壤具有还原性，铁、锰、铜这些元素的肥效增大。土壤有机质中的有机酸对有些元素有配合作用，跟铁形成的配合物能增大铁的肥效，但会降低铜、锌的肥效。
使用方法
土壤施肥：常用的微肥除化学肥料外(如硼砂、硫酸锌、硫酸锰等)还有整合肥料、玻璃肥料、矿渣或下脚料，通常都用作基肥和种肥。其施用方法为：在播种前结合整地施入土中，或者与氮、磷、钾等化肥混合在一起均匀施入，施用量要根据作物和微肥种类而定，一般不宜过大。如对水稻，硫酸锌每亩施用1公斤，硼砂一般每亩用0.5公斤至1公斤，并要与厩肥等有机肥混合均匀基施，防止集中施用造成局部危害。
根外追肥：将可溶性微肥配成一定浓度的水溶液，对作物茎叶进行喷施。这种方法的优点是避免土壤中肥料不均匀而造成的危害，同时也可以在作物的不同发育阶段，根据具体的需要进行多次喷施，以提高肥效。有条件的地区在大面积施用时可采用机械操作或飞机喷洒，一般喷洒浓度为0.01%至0.05%。
种子处理：播种前用微量元素的水溶液浸泡种子或拌种，这是一种最经济有效的使用方法，可大大节省用肥量。如硼酸或硼砂的浸种液浓度为0.01%至0.03%。每500公斤种子仅用5升这种溶液。大豆用钼酸铵拌种，每亩只需要10克至20克。
