小麦施用种肥能迅速被幼苗吸收利用，使麦苗早生根，早分蘖，促进壮苗。特别是土壤瘠薄，底肥不足或误期晚播的情况下，增产作用尤为显著。在选用种肥时，必须选用对种子或幼芽副作用小的速效性肥料。常用的种肥有：
硫酸铵硫酸铵的吸湿性小，易溶解，适量施用对种子萌发和幼苗生长无不良影响，最适合做小麦种肥。硫酸铵可直接与小麦种子混播，每亩3—4公斤，或按种子重量的50%与麦种干拌均匀后混合播种。
尿素尿素含氮量高，但含缩二脲，影响种子萌发和幼苗生长，故一般不宜与种子混合播种。
过磷酸钙过磷酸钙易溶解，但大多集中在施肥点0.5厘米范围内。含有游离酸，具有腐蚀性，易吸湿结块，施入土壤后，易被土壤化学固定而降低磷的有效性。选用做种肥时，必须选优质特级品，不能接触种子。条施每亩用过磷酸钙5—7.5公斤，与5—10倍腐熟的有机肥混匀，顺着播种沟条施在种子下方或侧下方2—3厘米处。拌种每亩用过磷酸钙3—5公斤，先与1—2倍细干的有机肥料拌匀，再与浸种后阴干的麦种放在一起搅拌，随拌随播。
钙镁磷肥不潮解，不结块，对种子没有腐蚀性，施入土壤后，不易流失，易被土壤溶液中的酸和作物根系分泌的酸逐渐分解，为作物吸收利用，宜做小麦种肥，每亩5—10公斤，可以拌种施用。
磷酸二铵是以磷为主的氮、磷二元复合肥，每亩用2.5—3公斤，条施于播种沟内。
磷酸二氢钾用作种肥，可以改善小麦苗期的磷、钾营养，促进根系下扎，有利于苗全苗壮。施用方法：一是拌种。用磷酸二氢钾500克，对水5公斤，溶解后拌麦种50公斤，拌匀堆闷6小时播种。二是浸种。将选好的麦种放入0.5%磷酸二氢钾溶液中浸泡6小时，捞出晾干后播种。
硫酸钾在缺钾的土壤上，可用硫酸钾做种肥。硫酸钾施入土壤后，钾离子可被作物直接吸收利用。每亩用量为1.5—2.5公斤。要注意，硫酸钾的肥分含量高，不能与种子接触，以免烧幼苗。要控制好用量，肥料与种子相距3—5厘米为佳。
硫酸锌在缺锌地区施用，可使小麦增产10—18%。拌种，用硫酸锌50克溶于适量水中，拌麦种50公斤，拌匀堆闷4小时，晾干后播种。浸种，将选好的麦种放入0.05%硫酸锌溶液中浸泡12—24小时，捞出晾干播种。
硼砂在缺硼地区施用。拌种用硼砂10克，溶于5公斤水中，拌麦种50公斤。浸种时将选好的麦种放入0.03%硼砂溶液中浸泡10小时。
硫酸锰在缺锰地区，播种时，每公斤麦种用4—6克硫酸锰拌种。
硫酸铜用硫酸铜按种子量的0.2%拌种，拌匀后堆闷15小时播种。
钼酸铵在缺钼地区，每公斤麦种用钼酸铵2—6克，拌种前先用40℃的温水将钼酸铵化开，将选好的麦种放入0.05—0.1%钼酸铵溶液中浸泡12小时。
此外，充分腐熟的厩肥、牛羊粪、猪粪、鸡粪、兔粪等，压碎过筛后，均可以做种肥施用，可与小麦种子拌种施用。
