多雨季节化肥保存中主要是化肥的吸湿、结块问题。结块后，化肥商品性状恶化，难以实现机械施用。农民不愿意购买，即使降价处理，农民拿回去，增加了破碎结块的劳力，而人力施肥有困难，施不均匀还会烧苗。一般情况下，化肥储存有三种方式：仓库堆存、货棚堆存和露地堆放。
在多雨季节，一般应以仓库堆存为主。库内既要通风降温，又要干燥防雨防潮。肥料在仓库内的保存方式有大堆储存和袋装储存两种方式。对于吸湿性比较强的氮肥品种如硝酸铵，要采用袋存，避免大堆储存。其他品种的氮肥和磷、钾肥料，大堆储存的时间也不能过长，到了雨季，一般都要求袋装。包装要用双层袋，内衬塑料袋外包编织袋。
无论是大堆散存还是袋装存放，为了避免结块，都要减轻储存压力，控制散堆与包堆的高度，如25-40公斤的大袋存放，以20袋一堆为适中高度。选择货棚保存的方式在雨季要格外小心，货棚的地点要选择地势高、干燥、通风的地方，棚顶防雨。
