近年来的一些研究表明，单独多用有机肥也不完全适合于各种药材植物，如人粪尿用在人参和西洋参上容易抑制须根的发育;在黄芪上全部施有机肥的效果不如施专用复合肥的效果好。
专家指出，中草药施肥，不仅要考虑提高药材产量，同时应注重提高中草药的药效。为了获得较高的药材量和足够的药效，必须针对药用器官特性在施肥上有所区别;要在有机肥的基础上施用适量的化肥，二者配合施用才有助于产出和药效的综合提高。
化肥的施用原则为：谨慎施用化学氮肥，重视配施化学磷钾肥，巧施中微量元素肥料。
过量施氮肥会导致中草药药性降低或者徒长、烂根。以花和果为药用器官的中草药植物，要注重配施磷钾肥;以根和鳞茎为药用器官的中草药植物，要特别注意钾肥的施用。
根据近代药物化学的研究表明，药物作用的有效成分大都是一些体内次生代谢产物，为了这些成分的产出和作用效果，在施肥供应上不仅要保证大量元素还需要微量元素的参与。但很少量的微量元素肥料通过土壤施用时，必须先和大量有机肥掺混后才可施得均匀。当微量元素肥料直接喷施时，一定要把握肥液的适当浓度和施用次数，这样才有预期的效果。
