微生物菌肥的作用，人们用科学的方法从土壤中分离、选育有益微生物，经过培养、繁殖、制成菌剂，将这些菌剂应用于农业，使作物增产，称为菌肥，又叫做微生物肥料。目前我国生产和应用的菌肥主要有根瘤菌、固氮菌、磷细菌、钾细菌、EM菌肥料等。菌肥是通过有益微生物的生命活动，拮抗有害微生物，促进土壤中养分的转化，提高土壤养分的有效性，改善作物营养条件，增加土壤肥力。菌肥还可以用于叶面喷施、沾根等。
如何正确判别微生物菌肥，时下菌肥品牌繁多，不免良莠不齐，泥沙俱下，加之一个品牌的菌肥究竞是好是劣，需要几年功夫才能最终下结论，如有的产品今年有效，明年就不行了，有的产品这批很好，而另一批就很差，等等。
个别不法商贩，利用菌肥这个“软肋”(判定时间相对较长)，玩起了坑农害农之事，待到东窗事发，早已不见踪影，损害的不是一家一户，而是整个行业。因此，无论作为菌肥的生产商，经销商，还是使用者，都很有必要了解一些研发时间长、资格老的产品的相关技术背景与特征，便于对照比较，减少选择产品的风险，避免选错产品而导致灾难性后果的产生。
